現在的酶都是以溶液狀態或固定化狀態來使用的。可是,不論哪一種狀態，酶反應的特征都是從酶的特性出發的。
酶反應的優點
1.酶反應在常溫一般在0攝氏度到100攝氏度之間，酶在常壓、中性附近進行，因而可節省能源。
2.—般化學反應和的微生物反應，不可避免地都會有付反應，但由于酶作用的專一性，所以反應不產生付產物。這意味著反應結束后，精制工藝就顯得特別容易進行。這一點在工業生產上極為重要。
3.酶具有立體專一性，酶只對異構體中的某一種異構體起作用。利用酶進行有機合成反應時，這個性質極為重要。對許多已知的非酶催化的不對稱合成反應而言，再沒有比酶催化合成反應更優越的了。
4.利用酶反應分析生化物質的分析方法那是無與倫比的出色。由于酶的專一性,就有可能在不把含冇多種物質的混合試樣分離的情況下,分析其中特定的化合物。此外，如果再與高靈敏度的檢測手段結合起來，則可進行微量分折。
5.酶與微生物反應相比，反應混合物非常單純，過程的最適條件容易制定。
酶反應的缺點
1.多數底物是天然有機化合物及其衍生物。如底物是合成化合物，那么酶只能對某一特定的化合物進行反應。
2.天然有機化合物的反應條件是常溫、常壓、中性附近,而這些條件也是微生物容易繁殖的條件。這樣，酶反應過程中就容易被雜菌污染，導致轉化率和產品質量的下降。為了克服雜菌污染，希望盡可能采用耐熱的酶。
3.酶的價格高，精制過程又非常麻煩。顯然，如能精制得便宜的酶，那么，它的用途就可更加廣泛。
4.雖說固定化能增加酶的穩定性，但遲早總會失活
5.如庇物為髙分子化合物，固定化酶也并非是個很好的他化劑。其原因是髙分子化合物難以擴散到載體內部，故總反應速度會明顯下降。
6.酶是蛋白質,在水溶液中才具有催化作用，因而一般認為酶反應也只限于在水溶液中進行。
此外，如酶存在于微生物菌體內部，則不需再將酶精制，而以固定化死細胞予以利用。